揭幕战由德国迎战哥斯达黎加
法国对葡萄牙，席丹射点球的一刻
本届决赛周赛事于2006年6月9日开始，32支球队被分成8个小组，每组各有4队进行3场赛事，胜出得3分，平局得1分 ，败仗得0分。每组成绩最好的两队则可晋身淘汰赛阶段。由16强、8强、4强直到总决赛，如果法定时间赛完时平手，则进行两节各15分钟的加时赛，加时赛须全程踢完，而非设金球或银球制；若再未能分出胜负，则以点球定胜负。
揭幕战于慕尼黑世界杯球场由德国迎战哥斯达黎加，结果地主队德国以4–2击败对手。比较过往几届赛事，本届决赛周小组赛阶段的黑马球队不多，冷门赛果亦较少出现，只有乌克兰、迦纳、厄瓜多及澳洲等非传统强队表现较为突出，原先被看好的几支劲旅均踢出佳绩，能晋身16强阶段的队伍大部分属欧洲与拉丁美洲的球队，4支亚洲球队则以1胜4和7负的劣绩遭淘汰。
进入淘汰赛阶段后，每支劲旅随著遭遇不同对手而各有不同命运：首先分组赛表现极佳的西班牙队以1–3被法国队淘汰，后者虽一度不被看好，但在淘汰西班牙后，又分别于8强赛及4强赛中，击败上届冠军巴西队与葡萄牙队，继1998年后再度杀入决赛；英格兰队在8强赛继2004年欧洲国家杯后，再度被葡萄牙队以互射十二码淘汰，是近10年第3次在国际赛事中输在互射十二码阶段；上届亚军兼主办国德国队一度极被看好留下金杯，在半准决赛以互射十二码击败夺冠大热门阿根廷队，赛后双方球员在球场上发生冲突，可惜德国队在准决赛加时临结束前，被意大利队连进两球，只能与葡萄牙队争季军，而德国最终继1962年的智利和1990年的意大利后成为第三支获得季军的地主队；意大利队在16强赛对澳洲队时，凭一记具争议性的十二码球得以出线，然而，事后的重播影像支持裁判的判决，格罗索承认他并非遭到非常严重的冲击，那次摔倒是有一些演戏的成份在内，但澳洲队的后卫尼尔的确有跟他发生碰撞，也应该要被吹犯规[2], 接著以3–0胜乌克兰晋身4强。这是自1982年（前四名分别为义大利、西德、波兰、法国）后，世界杯首次由欧洲球队包办4强席位—地主德国、法国、葡萄牙及意大利。
决赛于7月9日在首都柏林的奥林匹克体育场举行，由两支赛前夺冠呼声不高的意大利队及法国队争夺冠军。法国队凭席丹射入一个12码首开纪录，随后意大利队后卫马特拉斯接应角球顶入为球队追成1–1，双方在法定时间90分钟之内再无入球，进入加时阶段，加时下半场席丹因用头撞马特拉齐胸部而被领红牌离场，加时阶段完毕仍然未分出胜负，在互射十二码，法国前锋查斯古特射中横梁，意大利终以5–3胜出，队长法比奥·卡纳瓦罗站上颁奖台高举大力神杯，代表球队历史性第4度勇夺世界杯。季军赛方面，主办国德国队在中场新人施魏因斯泰格的杰出发挥下以3–1击败葡萄牙队获得季军。
个人奖项方面，施丹在争议声中获得世界杯金球奖，两名意大利队成员简拿华路及安德烈亚·皮尔洛则获银球奖及铜球奖；两名德国队射手普度斯基分别夺得世界杯金靴奖及最佳年青球员，本次金靴得主仅有5球且无人并列，是自1962年世界杯以来入球数量最低的一届。
以世界地图形式展示本届世界杯各支球队最终成绩
本届世界杯亦有相当多备受争议的事件。除了决赛席丹与马特拉齐冲突事件外，8强德国对阿根廷在完场后，有阿根廷球员出手向德国球员动武，结果两队都有球员停赛；8强英格兰对葡萄牙时，英格兰球员鲁尼犯规被驱逐离场，此时对方球员C罗向裁判谈话。由于C罗与鲁尼当时是英超豪门曼联的队友，故C罗此举被许多英格兰球迷指出卖鲁尼，令C罗备受批评；16强荷兰队对葡萄牙队的赛事，裁判全场出示16面黄牌及4面红牌（两队各有两人领红牌），创下历届赛事单场比赛最多人被逐出场的纪录，但其实这场比赛的火药味相当浓烈，双方不时有火爆镜头。不过亦有球迷归咎于球证没有好好控制场内球员的情绪就胡乱出牌，结果镜头影到各自被赶出场，同是巴塞队友的云邦贺斯及迪高讨论场上形势时均露出无奈的表情。赛后连国际足协主席白礼达亦非常不满意该球证的表现，更明言“他应该都要给自己一张黄牌”。结果该裁判于葡萄牙对荷兰的比赛后被国际足协停职。